由於病魚病源大部份是長期潛伏,有體內外病原菌和寄生蟲類使得魚隻體力衰退,免疫系統的防衛能力下降,才會促使外來的一個的緊迫就可以使細菌和寄生蟲大量繁殖,使致病魚的外表黏大量分泌黏液,形成水中的蛋白質額外增加,所以病魚的體表是細菌和寄生蟲的溫床,也是水中額外的氨和二氧化碳的來源,因此下藥之前及下藥之後要不要換水,是靠臨場經驗,觀察力和智慧的判斷,在這所提的隻能作參考。一般隻要硝化系統運作良好,水不混濁,沒惡臭味則不必換水可以直接下藥,反之則先換水再下藥。下藥後如果水隔日就有混濁現象,則隻好換水,需要用曝氣24小時的儲水缸內的水,並且pH需穩定在某一較低數值的儲水避免換水後治療缸內氨毒加劇,這是不得已之動作。
因為生病的魚是忍受不住再換水所帶給牠身黏的二度刺激會使病情更加惡化,所以治病的魚缸宜事先準備大一點的魚缸再掛上部過濾器來使用,盡量靠多更換上部過濾棉來維持水體的水質不要惡化,等魚病情穩定可以正常遊動後才換水。